Η κληρωτίδα έφερε ντέρμπι στην φάση των 16 με πιο σημαντικό ματς το ΠΑΟΚ Κρηστώνης-Κιλκισιακός.
Αναλυτικότερα τα ζευγάρια:
Τετάρτη 14/10/2020
Ηρακλής Αργυρούπολης - Ατρόμητος Π. Αγιονερίου
Εθνικός Ν. Αγιονερίου - Αναγέννηση Πλαγιάς
Θύελλα Αγ. Πέτρου - Α.Ε. Πολυκάστρου
ΠΑΟΚ Κρηστώνης - Α.Ο. Κιλκισιακός
Τετάρτη 21/10/2020
ΑΠόλλων Ευρωπού - ΠΑΟΝΕ Επταλόφου
Νεότητα Μεταλλικού - Ερμής Τερπύλλου
Αστέρας Μ. Βρύσης - Κεραυνός Βάθης
Ποντιακός Ν. Σάντας - Πάικο Γουμένισσας